Az esztergomi érsekség az 1001. áprilisában tartott ravennai zsinaton született meg, mint a német birodalmi egyháztól független önálló magyarországi egyháztartomány érseksége.
Az Esztergomi Református Egyházközség megalakulása (1881) előtt a hívek Pilismarótra vagy Nagysápra jártak templomba.
Az érseki levéltárban található meg az első olyan irat, mely arról tanúskodik, hogy Esztergomban már a reformáció idején megjelentek Luther Márton tanításai.
1999-től szórvány paróchia működik Esztergomban és környékén, amely a Hajdúdorogi Egyházmegyéhez tartozik.
Esztergomban az Árpád-kor óta folyamatosan nagyszámú zsidó közösség élt. Az okleveles források már 1050-ben egy esztergomi zsinagógáról szólnak.
Egyes források szerint szerb hajósok (sajkások) már a török idők előtt is rendelkeztek Esztergomban imaházzal, feltehetően fatemplommal.
